La rotation des cultures est une mesure préventive cruciale qui vise à diminuer la fréquence de chaque culture au fil des ans. La diversification des cultures entraîne également une diversification des organismes associés: insectes bénéfiques et ravageurs, pathogènes, microbes biostimulants, etc. De ce fait, les chances de voir un ennemi des cultures donné dépasser les seuils de traitement sont moindres comparativement à une monoculture. La diversification de la banque de semences adventices entraîne également une persistance réduite de chaque mauvaise herbe. Enfin, les cultures utilisées dans une rotation peuvent constituer un moyen d’améliorer la santé du sol, qui elle-même a un impact majeur sur la santé des cultures.
Dans les grandes cultures, le principal problème de la rotation dominante (maïs-soya) est sa faible contribution à la matière organique du sol. Les céréales sont donc de bonnes cultures à envisager dans sa rotation.
Dans les cultures horticoles, le principal problème de la plupart des rotation reste la forte pression des maladies et des ravageurs. En diversifiant sa rotation avec d’autres familles botaniques, les économies en pesticides et la qualité de la récolte sur les cultures plus lucratives peuvent contrebalancer la diminution en fréquence des cultures plus lucratives.